“阿米巴”经营模式是从管理机制上对企业进行的系统性变革，在管理理念、管理方法上与传统的企业管理模式存在着很大的不同，甚至是根本性的区别，需要辨析清楚。
“阿米巴”经营模式与传统经济责任制的区别
传统的经济责任制（以下简称“经责制”）也能在一定程度上调动广大员工的工作积极性，然而与“阿米巴”经营模式相比，两者从根本上和形式上都存在很大的差别。
1.初试目的不同
“经责制”以完成上级下达的任务指标为初始目的，从根本上讲这是一种“被动式”的管理模式；而在“阿米巴”经营模式下，员工积极采取行动的初始目的是增加经营效益，是发自内心的“自主管理”。
2.考核单位不同
“经责制”以部门考核为主；而“阿米巴”经营模式是把经营体作为考核单位，直接将经营成果按约定方式分配到阿米巴组织。
3.考核结果不同
“经责制”是一种“结果考核”；而“阿米巴”经营模式则是通过建立内部市场、通过产品买卖、提供服务或契约结算实现阿米巴经营体的收入，强调了阿米巴经营体参与市场交换的全过程，把过程管理和成果考核有效地结合起来。
4.达到要求不同
“经责制”关心的是产出；而“阿米巴”经营模式讲投入产出，讲资源有效利用的关系，做到以最少的投入达到最大的产出。
5.分配依据不同
传统的“经责制”考核是以工作量完成为分配依据，跟企业的绩效挂钩，员工分配多少事先比较模糊，属于被动参与分配；而“阿米巴”经营模式中，考核分配的依据包括经营效益考核分配和管理项考核奖扣，跟员工的绩效直接挂钩，员工分配多少自己事先就比较清楚了，属于主动参与分配。
“阿米巴”经营模式与成本中心的区别
成本中心是对企业成本和费用承担控制、考核责任的中心。设立成本中心，可以帮助企业有效控制成本。很多企业的实践证明，“阿米巴”经营模式的实施同样可以为企业节约大量的成本。那么“阿米巴”经营模式与成本中心有哪些区别呢？实际上，两者至少有以下八个方面的明显不同：
1.成本管控目的不同
成本中心是企业进行成本管控的具体单元，成本中心的负责人只对“成本”负责，而不关心“收入”，可以说是为了达到上级下达的降本目标而降成本。而在“阿米巴”经营模式下，阿米巴经营体成员的收入与阿米巴经营体的效益直接挂钩。
因此，大家一方面要考虑如何去尽可能地降低成本，另一方面还需要考虑如何才能增加产出，也就是说，“阿米巴”经营模式不是要求员工从完成降本目标的角度来思考成本管控问题，而是要求员工从改善阿米巴组织经营绩效、增加有效产出的角度全方位思考成本问题。
2.核算范围不同
成本中心模式，只核算某成本中心发生的直接成本；而“阿米巴”经营模式则是以货币形式精细量化企业内部所有资源，将内部服务等所有与经营体相关的资源、费用等都量化成有价资源，纳入阿米巴组织的成本管控。
3.经营形式不同
成本中心模式，仅对“成本中心”内部做核算；而“阿米巴”经营模式下形成买卖、服务、契约三种交换关系，以“经营链”为纽带在企业内进行经营。
4.核算方式不同
成本中心模式，各成本中心之间没有市场交换关系；而“阿米巴”经营模式要求形成内部交易价格体系，除了产品销售价、物资采购价和内部收购价外，还包括内部服务价和项目契约价。各阿米巴经营体之间通过“买卖”、“服务”或“契约”关系实行有偿经营，并对各阿米巴经营体的收入与支出进行核算。
5.员工参与不同
成本中心模式，成本是自上而下制定的，员工在通常情况下是一种被动接受的角色。而“阿米巴”经营模式要求员工从一开始就参与到资源量化分摊的过程中，在阿米巴经营体各项资源费用划分完成后，还需要阿米巴经营体负责人的签字认可，成本是一种“主动接受”的过程。
6.管控阶段不同
成本中心模式，一般月底进行结算，成本控制属于一种事后控制；而“阿米巴”经营模式下可以随时结算各“经营成本”，成本控制是全过程、全方位的。
7.观念认识不同
成本中心模式，员工只关心自己的成本，对企业整体绩效敏感度不够；而“阿米巴”经营模式下员工以“经营者”身份参与，企业的市场好坏、产量多少将直接影响到员工的经营收益，因而员工对整个企业的发展更为关注，主人翁意识更强，积极性、主动性更高。
8.分配方式不同
成本中心模式，没有“利润”概念，传统薪酬分配方式对员工激励程度有限；而“阿米巴”经营模式是按照阿米巴经营体的经营收益和管理项考核情况对阿米巴经营体进行薪酬分配的，阿米巴经营体成员的实际收入与经营“利润”密切相关，更好地做到了收入分配的公正、公平、公开。
“阿米巴”经营模式与班组管理的区别
“阿米巴”经营模式的实施，使得很多企业原来的班组转变为阿米巴经营体，班组长转变为了阿米巴经营体的负责人。然而阿米巴经模式的管理与班组管理之间存在着很多重要的区别，需要认识清楚：
1.管理方式不同
班组管理是以完成生产任务和产品质量为主要工作，没有内部市场概念，产品的转移和交换不实行内部结算，也没有利润概念，绩效考核以传统的经责制为依据；而阿米巴经营体是以经营成果为结算依据，建立了内部市场，产品的转移和交换实行内部交易价格结算，有利润概念，绩效考核以经营利润为主要依据。
2.管理动力不同
班组管理是一种被动性管理，上级下达计划指令，班组在班组长的带领下努力贯彻执行的管理模式；而阿米巴经营模式是一种激发员工主动性，通过自我管理完成内部客户订单的管理模式。
3.管理内容不同
在管理上, 阿米巴经营体的管理内容比班组管理更丰富：班组长一般只需要关心产量、质量、现场管理等生产情况；而阿米巴经营体负责人还要关心经营成果，要关心所使用资源的价格，要关心价格的合理性，还要关心资源的合理使用等经营状况。
在结算管理上, 阿米巴经营体是经营核算的基本单位，在组织职能上, 阿米巴经营体是经营运作的最小主体；在薪酬分配上, 阿米巴经营体的经营成果是经营结算的依据；阿米巴经营体的负责人既是管理者，更是经营者。
企业要充分认识到“阿米巴”经营管理与班组管理的本质区别，建立“阿米巴”经营管理的长效机制，实现班组管理向“阿米巴”经营管理的全面深入转变。
